En un futuro lejano, la Tierra ha sido destruida y la humanidad se ha visto forzada a vivir en la fortaleza flotante Plantation. Allí, los niños, que jamás han visto el mundo exterior ni el cielo, entrenan duramente en unas instalaciones conocidas como Birdcage para pilotar unos robots llamados Franxx con el fin de combatir la amenaza de una misteriorsa forma de vida gigante: los Kyōryū. Bajo esta premisa, se presenta a Hiro (Code:016), un joven que solía ser un prodigio, pero que ahora se ha quedado atrás y no puede pilotar, por lo que ya no se le considera necesario. Sin embargo, todo esto cambia cuando, un día, una misteriosa joven con cuernos rojos llamada Zero Two aparece ante él.
En un futuro lejano, la Tierra ha sido destruida y la humanidad se ha visto forzada a vivir en la fortaleza flotante Plantation. Allí, los niños, que jamás han visto el mundo exterior ni el cielo, entrenan duramente en unas instalaciones conocidas como Birdcage para pilotar unos robots llamados Franxx con el fin de combatir la amenaza de una misteriorsa forma de vida gigante: los Kyōryū. Bajo esta premisa, se presenta a Hiro (Code:016), un joven que solía ser un prodigio, pero que ahora se ha quedado atrás y no puede pilotar, por lo que ya no se le considera necesario. Sin embargo, todo esto cambia cuando, un día, una misteriosa joven con cuernos rojos llamada Zero Two aparece ante él.