El escenario es un mundo paralelo a Fate/stay night donde el Gran Grial misteriosamente desapareció de Fuyuki después de la Tercera Guerra del Santo Grial. Después de muchos años de silencio, alrededor de la misma época en que ocurrió la Quinta Guerra del Santo Grial, los Yggdmillennia, una familia de magos, declaran abiertamente su secesión de la Asociación de Magos y que están en posesión del Grial. La Asociación despacha cincuenta magos para recuperarla, y todos menos uno son instantáneamente asesinados por un misterioso Servant. El que queda consigue activar el sistema de reserva del Gran Grial, permitiendo la convocatoria de catorce Servants en total. En la ciudad de Trifas, dos facciones lucharán por el control de la reliquia sagrada, cada una de ellas con su propio equipo de siete Servants: la Facción Negra, cuyos miembros son parte de Yggdmillennia, protegiendo al Grial y la Facción Roja cuyos miembros eran enviados por la Asociación de Magos, tratando de recuperar el Grial. Para un evento de esta escala, el propio Grial convoca a su propio Servant, el Santo Gobernante, para supervisar el conflicto. Esto marca el inicio de la Gran Guerra del Santo Grial.
El escenario es un mundo paralelo a Fate/stay night donde el Gran Grial misteriosamente desapareció de Fuyuki después de la Tercera Guerra del Santo Grial. Después de muchos años de silencio, alrededor de la misma época en que ocurrió la Quinta Guerra del Santo Grial, los Yggdmillennia, una familia de magos, declaran abiertamente su secesión de la Asociación de Magos y que están en posesión del Grial. La Asociación despacha cincuenta magos para recuperarla, y todos menos uno son instantáneamente asesinados por un misterioso Servant. El que queda consigue activar el sistema de reserva del Gran Grial, permitiendo la convocatoria de catorce Servants en total. En la ciudad de Trifas, dos facciones lucharán por el control de la reliquia sagrada, cada una de ellas con su propio equipo de siete Servants: la Facción Negra, cuyos miembros son parte de Yggdmillennia, protegiendo al Grial y la Facción Roja cuyos miembros eran enviados por la Asociación de Magos, tratando de recuperar el Grial. Para un evento de esta escala, el propio Grial convoca a su propio Servant, el Santo Gobernante, para supervisar el conflicto. Esto marca el inicio de la Gran Guerra del Santo Grial.